Prawo hiszpańskich Habsburgów do rządzenia Portugalią kwestionowano przez cały okres ich panowania w tym kraju. Większy problem stanowiło zaginięcie króla Sebastiana, gdyż systematycznie podszywali się r: d niego kolejni samozwańcy. Po masakrze r:d Al-Kasr al-Kabir w 1578 r., która zadała cios narodowej dumie, wśród ludu rodziła się legenda znana pod nazwą sebastianismo, mówiąca, że pewnego dnia zagubiony portugalski król powróci. W efekcie kilku fałszywych Sebastianów podjęło nieudane próby zdobycia tronu. Unię personalną między Portugalią i Hiszpanią popierali kupcy. Holandia i Francja ostro konkurowały z portugalską flotą, odbierając jej część istotnych zysków. Mieszczaństwo przypuszczało, że łącząc interesy Hiszpanii i Portugalii, będzie można odbudować imperium handlowe, a sojusz z Hiszpanami ponownie otworzy rynek wewnętrzny. Raczej nie było wyboru: w 1560 r. zbankrutowała krajowa korporacja handlowa - Casa da India, a skarbiec Portugalii świecił już pustkami.

Trzech Filipów.
Po bitwie pod Al-Kasr al-Kabir do tronu portugalskiego zgłosiło aspiracje kilku kandydatów. Chociaż pretensje do korony Filipa II. króla Hiszpanii, były z punktu widzenia genealogii słabo uzasadnione, pozostawał on wnukiem Manuela I Szczęśliwego. Był też znacznie zręczniejszym władcą niż jego rywale. Większość mieszkańców Portugalii nie zgadzała się na hiszpańskiego króla, jednak zubożała szlachta, kler i górne warstwy burżuazji spostrzegły, że Filip mógłby zapewnić podatkową i wojskową stabilność. Co ciekawe, unii najbardziej sprzeciwiały się hiszpańskie klasy rządzące, dostrzegające niebezpieczeństwo opanowania tradycyjnie hiszpańskich rynków przez Portugalczyków.